Un groupe de scientifiques de l’Université Ben Gourion du Néguev (BGU) a développé une méthodologie pour tracer le virus du SRAS-CoV-2 (ou Covid-19) à travers les réseaux d’égouts et d’eaux usées. Ils ont déjà identifié que le Covid-19 passait par les excréments dans les eaux usées dans une première phase de prélèvements. Cependant, personne n’est encore sûr que le virus reste contagieux dans les eaux usées. De plus, si leur nouvelle méthodologie s’ajoute aux tests de dépistage réguliers des eaux usées, elle pourrait être utilisée pour déterminer l’étendue de l’épidémie actuelle et devenir un système d’alerte précoce pour les épidémies futures.
Esther Amar, fondatrice d’Israël Science Info rappelle que, par ailleurs dans le monde, « plus d’une douzaine de laboratoires analysent les eaux usées à la recherche du COVID-19 et ont détecté des particules du virus aux Pays-Bas, aux États-Unis, en Suède… (Nature) ».
Après avoir analysé des échantillons dans des petites et grandes usines de traitement d’eaux usées en Israël et plusieurs autres points dans le pipeline d’eaux usées de la région de Tel Aviv pendant l’épidémie de coronavirus, l’équipe a confirmé la présence de l’ARN du SARS-CoV-2 dans les eaux usées. De plus, ils ont trouvé une concentration plus importante dans la région de Bnei Brak, ce qui correspond à un point chaud d’épidémie. Par conséquent, ils pensent que le dépistage des eaux usées et des eaux usées pourrait donner une meilleure indication de la propagation du virus que les méthodes actuelles.
La prochaine question est de savoir si le virus est toujours infectieux lorsqu’il apparaît dans les eaux usées. Les coronavirus précédents, comme le SRAS, ne pouvaient survivre en dessous de 20°C pendant de longues périodes dans les eaux usées.
Israël leader mondial de la réutilisation d’eaux usées
Israël est leader mondial de la réutilisation d’eaux usées (principalement pour l’agriculture), il est donc capital en Israël de déterminer si le virus passe par les excréments (ou d’autres voies) dans les eaux usées tout en restant infectieux. S’il reste infectieux, les agents d’entretien des eaux usées pourraient être un vecteur supplémentaire de propagation du virus. Cela vaut également pour les régions les plus pauvres où les conditions sanitaires sont pires, où le risque que quelqu’un soit exposé à des eaux usées non traitées est plus élevé. A l’avenir, le groupe estime que sa nouvelle méthodologie pourrait être généralisée comme test de dépistage standard des eaux usées pour fournir une alerte précoce en cas de nouvelle flambée.
Pr Eran Friedler
Le Pr Ariel Kushmaro, du département d’ingénierie de biotechnologie Avram et Stella Goldstein-Goren de la BGU, a piloté l’équipe. Les autres membres comprennent le Dr Itay Bar-Or, un virologiste du Sheba Medical Center, le Dr Yakir Berchenko du Département de génie industriel et de gestion de la BGU, le Dr Oded Nir, du Département de dessalement et traitement de l’eau de l’Institut Zuckerberg de la BGU et le Pr Eran Friedler du Technion.
L’équipe a demandé des subventions pour poursuivre la recherche. Le projet est placé sous l’égide du Groupe de travail sur le coronavirus de la BGU, créé par le président de la BGU, le Pr Daniel Chamovitz, pour valoriser l’ingéniosité et les travaux du corps professoral et des étudiants dans la lutte contre la pandémie de Covid-19.
Un poliovirus détecté dans les égouts en Israël en 2013
Poliovirus © F. Murphy, S. Whitfield, CDC, DP
Lors d’études antérieures, le Dr Yakir Berchenko de l’Université Ben Gourion du Néguev avait réussi à isoler un poliovirus sauvage de type 1* à Rahat, petit village au sud d’Israël dans le système d’égouts, après une épidémie en Israël en 2013. Cet entérovirus responsable de la poliomyélite (de tous les virus à ARN l’un des plus mutagènes, bien plus que le virus de la grippe). Les Israéliens vaccinés contre la polio sont 94 %, « un très bon chiffre » selon l’OMS.
Malgré l’éradication de la poliomyélite dans la plupart des pays, le risque majeur reste la contagion du virus par un pays endémique vers un pays jusque-là épargné. La détection est un des outils les plus puissants permettant de contrecarrer la propagation des maladies virales en mettant rapidement en place des campagnes de vaccination (BVST).
BGU et Esther Amar pour Israël Science Info
* Publication dans sciencemag